El diseño vanguardista fue interpretado y diseñado por el Lic. Francisco Cantoni, egresado de la Institución.
Representa un conjunto de rayos que se orientan hacia la inmensidad, indicando el futuro.
En el frente superior sobre un fondo que representa el amanecer, se yergue el Puente Internacional San Roque González, obra y símbolo de la ciudad de Encarnación junto a un arco que rememora las Ruinas Jesuíticas de Itapúa. Rescatando la fuerza de lo regional, habiendo nacido la universidad en Encarnación- Itapúa.
En el frente inferior lado izquierdo representando la sabiduría la Diosa Atenea, a la izquierda un mundo sostenido con manos de dos tonos, representando la inclusión, la tolerancia, la no discriminación.

Logo Estándar de la Universidad Autónoma de Encarnación.
Diseñado por el Lic. Francisco Cantoni (Secretario General de la Universidad)

Logo del Centro de Investigación y Documentación de la Universidad Autónoma de Encarnación (UNAE)
Diseñado por el Lic. Francisco Cantoni (Secretario General de la Universidad)

Logo de los programas de Posgrado de la Universidad Autónoma de Encarnación
Diseñado por el Lic. Francisco Cantoni (Secretario General de la Universidad).