El 22 de febrero de 2017, se llevó a cabo una importante firma de Convenio de Cooperación Interinstitucional entre el Ministerio de la Mujer representada por la MSc. Ana Baiardi Quesnel y la Universidad Autónoma de Encarnación representada por la Dra. Nadia Czeraniuk rectora de la Universidad.

El lunes 06 de febrero de 2017, la Dra. Nadia Czeraniuk, rectora de la Universidad Autónoma de Encarnación (UNAE) y la Defensora General Interina, Prof. Abg. Selva Morel de Acevedo en representación del Ministerio de la Defensa Pública, firmaron un convenio interinstitucional para la implementación de programas en áreas académicas, tecnológicas, científicas, culturales, investigación y pasantías para la formación de recursos humanos y acción social.

El 25 de agosto de 2016, la Fundación Paraguaya de Cooperación y desarrollo y la Universidad Autónoma de Encarnación firmaron un convenio marco de cooperación institucional, representada La Fundación Paraguaya, por el Gerente General, el Dr Luis Fernando Sanabria y el gerente de programas, el Sr. Roberto Gustavo, y la UNAE por la Dra. Nadia Czeraniuk, rectora de la UNAE.

El 24 de agosto de 2016, La Universidad Autónoma de Encarnación y la Asociación Hermandad Ucraniana San Jorge, firmaron un convenio en el marco de Cooperación Interinstitucional.