La dirección de Posgrado de la Universidad Autónoma de Encarnación, sigue realizando con éxito todas las actividades correspondientes a para cada formación.
Asumiendo la responsabilidad del proceso de formación continua e integral de profesionales, el fomento de la investigación y formación de investigadores, tiene por objetivo planificar, coordinar, dirigir y controlar las actividades correspondientes a programas de Posgrado y actualización que ofrece la institución. Es responsable de promover la política de formación académica de profesionales y especialistas como parte de un proceso integral y permanente de la UNAE, en respuesta a las demandas profesionales a nivel regional y nacional.
Cuadro de actividades actuales:
| ESTUDIOS | TEMAS ACTUALES | DISERTANTES |
| Doctorado en Educación y Desarrollo Humano 2015-2017 | Desarrollando el Taller de Tesis "Metodología de la Investigación Científica II". | Dr. Roberto Cañete |
| Diplomado - Especialización en Negociación y Mediación | Entrenamiento en Técnicas de Mediación. | Mgs Nelly Díaz de Ramírez |
| Maestría en Ciencias Forences. | Módulo: "Taller de Metodología de la Investigación" | Mgs. Jorge Roberto Ferrari |
| Especialización y Maestría en Administración de Negocios | Módulo "Liderazgo" | Dr. Benjamin Fernández Bogado |
| Maestría en Auditoría | Módulo "Auditorías de Sistemas Informáticos" | Mgs. Roberto Bresani. |
| Maestría en Docencia y Gestión Universitaria | Módulo "Gestión Académica Universitaria I" | Dra. Nancy Oilda Benítez |
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